C'est le 12 juin 2006, que Jean-Jacques Brot prenait ses fonctions de Préfet en Guadeloupe. Le représentant de l'Etat nous quitte quinze mois plus tard, pour se diriger vers Chartres, dans l'Eure-et-Loir. Il sera remplacé par Emmanuel Berthier, actuel Préfet des Hautes-Pyrénées.
Jean-Jacques, Brot aura marqué son action locale, dans le dossier des ordures ménagères. Les élus se souviendront de son coup de force pour que la classe politique trouve une solution au problème de la décharge de Baillif. Favorable au CSDU de Sainte-Rose, Favorable à la réouverture de la décharge, il a tenté de s'attaquer à ce dossier sensible. Autre dossier dans lequel il s'est impliqué, celui des commerçants des plages de Sainte-Anne. Il avait introduit un référé auprès du tribunal administratif pour demander l'expulsion de plusieurs d'entres eux, avançant la loi des 50 pas géométriques. Cette fois, le tribunal l'avait débouté.